matematica:asd:asd_15:progetto_15
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Linea 17: | Linea 17: | ||
* Un estratto della documentazione sul formato dei file presi da PDB è disponibile tramite {{: | * Un estratto della documentazione sul formato dei file presi da PDB è disponibile tramite {{: | ||
- | Il grafo va costruito da un file di testo PDB come segue. I **vertici** sono gli atomi, descritti nelle linee ATOM. I campi di interesse sono " | + | Il grafo va costruito |
{{: | {{: | ||
Linea 36: | Linea 36: | ||
* [1 ... 2] : legame covalente; | * [1 ... 2] : legame covalente; | ||
* (2 ... 3,2] : legame non covalente; | * (2 ... 3,2] : legame non covalente; | ||
- | * altrimenti, l'arco non esiste (la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure la distanza è superiore a 3.2 angstrom e le forze sono troppo deboli). | + | * altrimenti |
Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM. | Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM. | ||
Suggerimento. Ogni volta che viene trovato un SICC più grande, conviene stamparne subito la dimensione, in modo che il programma possa essere interrotto dopo un'ora senza perdere l' | Suggerimento. Ogni volta che viene trovato un SICC più grande, conviene stamparne subito la dimensione, in modo che il programma possa essere interrotto dopo un'ora senza perdere l' |
matematica/asd/asd_15/progetto_15.1463407161.txt.gz · Ultima modifica: 16/05/2016 alle 13:59 (9 anni fa) da Roberto Grossi