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--- matematica:asd:asd_15:mini_progetto15 [16/05/2016 alle 14:07 (9 anni fa)] – creata Roberto Grossi
+++ matematica:asd:asd_15:mini_progetto15 [16/05/2016 alle 14:11 (9 anni fa)] (versione attuale) – Roberto Grossi
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 ====== Mini Progetto di ASD 2015/2016 ======
-Questo progetto è su scala ridotta e si basa su file presi dal [[http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do|Protein Data Bank]] (PDB) e richiede di rappresentare ciascuna proteina come un grafo G = (V,E) per calcolarne la distribuzione dei gradi dei nodi: in particolare, se Δ indica il grado massimo del grafo, il progetto richiede di calcolare D[i] = cardinalità({ u in V : grado[u] = i}) per 0 ≤ i ≤ Δ.
+Questo progetto è su scala ridotta e si basa su file presi dal [[http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do|Protein Data Bank]] (PDB) e richiede di rappresentare ciascuna proteina come un grafo G = (V,E) per calcolarne la distribuzione dei gradi dei nodi: in particolare, se Δ indica il grado massimo del grafo, il progetto richiede di calcolare D[i] = cardinalità({ u in V : grado[u] = i}) per ogni 0 ≤ i ≤ Δ.
   * Il grafo G va costruito a partire da una qualsiasi tra le proteine, prese da PDB e denominate ''1ald'', ''1fcb'' e ''4enl'', che sono disponibili in {{:matematica:asd:asd_15:proteine.zip|questo file zip}}.
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 {{:matematica:asd:asd_15:atom.jpg?600|}}
-Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intervallo
+Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intervallo [1 ... 3,2]; altrimenti, l'arco non esiste (la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure la distanza è superiore a 3.2 angstrom e le forze sono troppo deboli).
-  * [1 ... 2] : legame covalente;
-  * (2 ... 3,2] : legame non covalente;
-  * altrimenti, l'arco non esiste (la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure la distanza è superiore a 3.2 angstrom e le forze sono troppo deboli).
 Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM.
-Suggerimento. Ogni volta che viene trovato un SICC più grande, conviene stamparne subito la dimensione, in modo che il programma possa essere interrotto dopo un'ora senza perdere l'informazione calcolata fino a quel momento.