====== Informatica per le Biotecnologie ======

Docente: **Nadia Pisanti**

=== News ===

[13 Maggio 2014] Sono pubblica le date degli appelli: 26/6 ore 11 aula I1, e 16/7 opre 11 aula I1.

[8 Aprile 2014] La lezione di Martedi 15 non avra' luogo.

[11 Marzo 2014] Per recuperare la lezione di oggi (molti assenti) e quella della prossima settimana (che non si terra'), abbiamo concordato di fare due ore piene 9-11 con solo una breve pausa nei giorni 25 Marzo e 1 Aprile. Pertanto, in tali giorni le lezioni inizieranno alle 9:00.

[10 Marzo 2014] La lezione del 18 Marzo NON avra' luogo.

[Febbraio 2014] Dal giorno 4 Marzo le lezioni si terranno in aula D3.

[Maggio 2013] Creata la pagina del Corso per l'anno accademico 2013-2014.

=== Obiettivi di apprendimento ===

L'obiettivo del corso è di fornire allo studente una panoramica di algoritmi concepiti per lo studio di sequenze genomiche. Verra' prestata attenzione sia agli aspetti teorici e combinatori che a quelli pratici posti dai vari problemi quali il sequenziamento di interi genomi, l'allineamento di sequenze, la ricerca di pattern ripetuti e di lunghe ripetizioni approssimate, il calcolo di distanze genomiche, e altri problemi biologicamente rilevanti per lo studio di sequenze molecolari.

=== Programma ===

LA COMPLESSITA' COMPUTAZIONALE 
Complessita' in tempo e spazio di un algoritmo. 
Complessita' e trattabilita' di un problema. 

ALLINEAMENTI DI SEQUENZE
Problema dell'allineamento di sequenze: algoritmo di programmazione dinamica per l'allineamento globale, locale, e semi-globale di coppie di sequenze, e sue possibili ottimizzazioni. 
Allineamento con 'affine gap penalty function'. 
Allineamenti multipli. 

RICERCA DI PATTERN IN UN DATA BASE
Problema della ricerca di un pattern in un data base: possibili soluzioni e analisi comparativa delle loro performance e complessita'. 
Metodi che fanno preprocessing del pattern: Knuth-Morris-Pratt, Boyer-Moore, Karp-Rabin. 
Metodi di indicizzazione del data base.

FRAGMENT ASSEMBLY
Ricostruzione di sequenze biologiche 'in silico' dopo il sequenziamento: algoritmi e strutture dati per il metodo Sanger e loro limiti. Che cosa cambia con le tecniche di sequenziamento del "New Generation Sequencing".


=== Materiale didattico ===

PER LA PARTE DI COMPLESSITA': parte dei capitoli 1 e 2 del libro "An Introduction to Bioinformatics Algorithms" di Neil C.Jones e Pavel A.Pevzner, MIT Press, 2004. 

PER LA PARTE DI ALLINEAMENTI DI SEQUENZE: parte del capitolo di libro {{:bio:allineamenti.pdf|}}

PER LA PARTE DI FRAGMENT ASSEMBLY: parte del capitolo di libro {{:bio:fragmentassembly.pdf|}}

PER LA PARTE DI PATTERN MATCHING: {{:biotecnologie:informatica:patternmatching1.pdf}} e {{:biotecnologie:informatica:patternmatching2.pdf}}

=== Registro delle lezioni ===


     * [[http://unimap.unipi.it/registri/dettregistriNEW.php?re=117701::::&ri=80312|REGISTRO DELLE LEZIONI]]